Udstyr og reagenser til long-read helgenom-sekventering

1.1.

Køber

Officielt navn : Region Hovedstaden

E-mail : lasse.semler@regionh.dk

Køberens retlige status : Regional myndighed

Den ordregivende myndigheds aktiviteter : Sundhed

2.1.

Procedure

Titel : Udstyr og reagenser til long-read helgenom-sekventering

Beskrivelse : The Capital Region intends to purchase a Revio™ system from Pacific Biosciences of California, Inc. (PacBio) for long-read sequencing. The instrument is to be placed at the Department of Genomic Medicine, Rigshospitalet. The technology will be used for clin-ical long-read whole genome sequencing (LR-WGS).

Identifikator for proceduren : 97988926-d3b9-4918-8f2d-95ac318ab407

Intern identifikator : 24053140

Udbudsprocedure : Udbud med forhandling uden forudgående offentliggørelse

2.1.1.

Formål

Kontraktens art : Varer

Primær klassificering ( cpv ): 38000000 Laboratorieudstyr, optisk udstyr og præcisionsudstyr (ikke briller)

2.1.2.

Udførelsessted

Landespecifik underafdeling (NUTS) : Byen København ( DK011 )

Land : Danmark

2.1.4.

Generelle oplysninger

Retsgrundlag :

Direktiv 2014/24/EU

5.1.

Delkontrakt : LOT-0000

Titel : Udstyr og reagenser til long-read helgenom-sekventering

Beskrivelse : The Capital Region intends to purchase a Revio™ system from Pacific Biosciences of California, Inc. (PacBio) for long-read sequencing. The instrument is to be placed at the Department of Genomic Medicine, Rigshospitalet. The technology will be used for clin-ical long-read whole genome sequencing (LR-WGS).

Intern identifikator : 1

5.1.1.

Formål

Kontraktens art : Varer

Primær klassificering ( cpv ): 38000000 Laboratorieudstyr, optisk udstyr og præcisionsudstyr (ikke briller)

5.1.2.

Udførelsessted

Landespecifik underafdeling (NUTS) : Byen København ( DK011 )

Land : Danmark

5.1.12.

Udbudsvilkår

Oplysninger om undersøgelsesfrister : xxxx

5.1.16.

Yderligere oplysninger, mægling og gennemgang

Organisation med ansvar for mægling : Der er ikke noget mæglingsorgan i Danmark

Organisation med ansvar for klager : Klagenævnet for Udbud

Organisation, der leverer yderligere oplysninger om klageprocedurerne : Konkurrence- og forbrugerstyrelsen

TED eSender : Mercell Holding ASA

Værdien af alle kontrakter tildelt i denne meddelelse : 7 512 580,00 DKK

Direkte tildeling :

Begrundelse for direkte tildeling : Kontrakten kan kun tildeles af en bestemt økonomisk aktør på grund af manglende konkurrence af tekniske årsager

Anden begrundelse : The reason for choosing Revio™ from PacBio for this purpose is that the Revio™ sys-tem is the only system on the marked which fulfills ALL our requirements for a sys-tem for clinical LR-WGS, as described in the following: 1) It is required that the system can be implemented into our existing infrastruc-ture. PacBio Revio™ fulfills this requirement because it is compatible with automation on Hamilton liquid handlers and can be integrated in our existing setup for data infrastructure. In addition, libraries for LR-WGS can be prepared for sequencing on the system from relatively low DNA input material, i.e., from < 1 µg to the low-µg range and still result in high data quality, thereby making the system usable for our clinical samples, also with limited DNA amount, thereby, being compatible with our ex-isting workflow. 2) It is required that system results in high enough data quality to support the use of LR-WGS as a stand-alone analysis, thereby eventually enabling the technol-ogy to replace selected existing analyses. PacBio Revio™ is the sole system to fulfill this requirement because their circu-lar sequencing technology (PacBio Single Molecule Real-Time SMRT® sequenc-ing) generates precise reads of minimum 15,000 base pair length with at least 90% of bases >Q30. Furthermore, detection of small variants (SNVs/indes), structural variants (SVs), repeat expansions, methylation at CpG sites and haplo-type phasing happens from a single library and sequencing run, generating simul-taneous SNVs (>99.9% F1), indels (>99.3% F1) and structural variants (>95% F1) calling, thereby supporting the use of the method as stand-alone method. 3) It is required that system has high enough capacity (>1,000 WGS, 30x per year) to enable high-throughput LR-WGS analysis, which is required for its clinical use. PacBio Revio™ fulfills this requirement as it can sequence multiple SMRT® Cells simultaneously to obtain a throughput of 360 gigabases per day, equivalent to up to 1,300 human genomes at 30X coverage per year. 4) It is required that LR-WGS data should be processed with as low compute and low data storage as possible on the marked to reduce costs for CPU and storage on our existing data infrastructure (HPC). PacBio is the only sequencing technology to offer HiFi reads, which support both high accuracy and low compute, data storage, and data transfer requirements due to the efficient representation of the HiFi read file format. Furthermore, the Pac-Bio system provides an option for accurate primary and secondary analysis using software pipelines specifically designed to analyze HiFi long reads.

6.1.

Resultat delkontrakt-ID : LOT-0000

6.1.2.

Oplysninger om vinderne

Vinder :

Officielt navn : Pacific Biosciences

Tilbud :

Tilbud – Identifikator : 1

Identifikator for delkontrakt eller gruppe af delkontrakter : LOT-0000

Kontraktoplysninger:

Identifikator for kontrakten : 1

Kontrakten tildeles som led i en rammeaftale : nej

8.1.

ORG-0001

Officielt navn : Region Hovedstaden

Registreringsnummer : 29190623

Postadresse : Kongens Vænge 2

By : Hillerød

Postnummer : 3400

Landespecifik underafdeling (NUTS) : Byen København ( DK011 )

Land : Danmark

Kontaktpunkt : Lasse Semler

E-mail : lasse.semler@regionh.dk

Telefon : +45 21371581

Internetadresse : https://www.regionh.dk/

Køberprofil : https://eu.eu-supply.com/ctm/company/companyinformation/index/66963

Denne organisations roller :

Køber

8.1.

ORG-0002

Officielt navn : Klagenævnet for Udbud

Registreringsnummer : 37795526

Postadresse : Nævnenes Hus, Toldboden 2

By : Viborg

Postnummer : 8800

Landespecifik underafdeling (NUTS) : Byen København ( DK011 )

Land : Danmark

E-mail : klfu@naevneneshus.dk

Telefon : +45 72405600

Denne organisations roller :

Organisation med ansvar for klager

8.1.

ORG-0003

Officielt navn : Der er ikke noget mæglingsorgan i Danmark

By : No city

Postnummer : 1001

Landespecifik underafdeling (NUTS) : Byen København ( DK011 )

Land : Danmark

E-mail : notapplicable@xx.dk

Telefon : 12345677

Denne organisations roller :

Organisation med ansvar for mægling

8.1.

ORG-0004

Officielt navn : Konkurrence- og forbrugerstyrelsen

Registreringsnummer : 10294819

Postadresse : Carl Jacobsens Vej 35

By : Valby

Postnummer : 2500

Landespecifik underafdeling (NUTS) : Byen København ( DK011 )

Land : Danmark

E-mail : kfst@kfst.dk

Telefon : +45 41715000

Denne organisations roller :

Organisation, der leverer yderligere oplysninger om klageprocedurerne

8.1.

ORG-0005

Officielt navn : Pacific Biosciences

Organisationen er en fysisk person

By : No city

Postnummer : 1000

Landespecifik underafdeling (NUTS) : Byen København ( DK011 )

Land : Danmark

Kontaktpunkt : Gitte Møller

E-mail : Gmoeller@pacb.com

Telefon : +4529111222

Denne organisations roller :

Tilbudsgiver

Vinder af disse delkontrakter : LOT-0000

8.1.

ORG-0006

Officielt navn : Mercell Holding ASA

Registreringsnummer : 980921565

Postadresse : Askekroken 11

By : Oslo

Postnummer : 0277

Landespecifik underafdeling (NUTS) : Oslo ( NO081 )

Land : Norge

Kontaktpunkt : eSender

E-mail : publication@mercell.com

Telefon : +47 21018800

Fax : +47 21018801

Internetadresse : http://mercell.com/

Denne organisations roller :

TED eSender

11.1.

Oplysninger om bekendtgørelsen

Identifikator for bekendtgørelsen : 989c265c-c438-47af-b230-c81d03492db8 - 01

Formulartype : Forudgående underretning om direkte tildeling

Bekendtgørelsestype : Bekendtgørelse med henblik på frivillig forudgående gennemsigtighed

Bekendtgørelsessubtype : 25

Afsendelsesdato for bekendtgørelsen : 19/08/2024 09:01:55 (UTC)

Dato for afsendelse af bekendtgørelse (eSender) : 19/08/2024 09:30:36 (UTC)

Sprog, som denne bekendtgørelse er officielt tilgængelig på : dansk

11.2.

Oplysninger om offentliggørelsen

Bekendtgørelsesnummer : 498417-2024

EUT-S-nummer : 161/2024

Offentliggørelsesdato : 20/08/2024

{{ visitor.user.name }}

Fakta om udbudet

Udstyr og reagenser til long-read helgenom-sekventering

Region Hovedstaden

Send til en kollega